ニアサードインパクトから14年後。葛城ミサトをはじめ旧NERV職員らは、反NERV組織「ヴィレ」を結成し、NERVのEVAを殲滅すべく活動していた。ヴィレは、式波・アスカ・ラングレーの乗るEVA改2号機と真希波・マリ・イラストリアスの乗るEVA8号機の2機によって、衛星軌道上にNERVが封印していたEVA初号機を強奪する「US作戦」を実行する。改2号機は Evangelion Mark.04「コード4A」数体から妨害を受けるが、8号機の援護射撃でそれを突破。さらに初号機とともに格納されていたMark.04「コード4B」の迎撃により窮地に陥るも、一時的に覚醒した初号機によって助けられ、初号機とともに地球へと帰還する。ヴィレの旗艦「AAA ヴンダー」で目覚めた碇シンジは、ヴィレのメンバー、14年経ったミサトやリツコらと再会するがニアサードインパクトを引き起こした危険人物として白眼視され、もうEVAには乗らないように警告される。ヴンダーは Mark.04「コード4C」の襲撃を受けるが、空中戦を展開しそれらを殲滅する。その戦闘後、リツコはシンジに、初号機から保護されたのは彼のみで、第10の使徒から救出したはずの綾波レイは発見されなかったこと、そしてシンジが今後エヴァに乗って、EVAを覚醒させた場合、装着された首輪「DSSチョーカー」が発動し死ぬことを告げる。そこに、NERVのエヴァMark.09がヴンダーを急襲し、シンジを連れ戻そうとする。Mark.09から呼びかけるレイの声を聞いたシンジは、ミサトたちの警告を無視してMark.09とともにNERV本部へ向かった。地表にあった第3新東京市が消滅し、荒廃したNERV本部へ戻ったシンジは、エヴァMark.09から降りたレイと改めて顔合わせし、碇ゲンドウからは渚カヲルとともにエヴァ第13号機に乗るよう命じられる。シンジはレイが生きていたことを知り、さらにピアノの連弾を通してカヲルと親しくなり次第に元気を取り戻すが、自身が起こしたニアサードインパクトが原因で、14年の間にサードインパクトが起こり一面が真紅に染まり荒廃、コア化した世界になったこと、そして今NERVにいるレイは別のクローンであり、自分の知るレイがまだ初号機の中にいることを知り絶望する。第13号機完成後もシンジはエヴァに乗ることを拒むが、カヲルがシンジのDSSチョーカーを外して自分の首に移し説得したことで、カヲルと一緒に第13号機へと乗り込むことを決める。



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シンジとカヲルを乗せたエヴァ第13号機は、アヤナミレイ(仮称)の乗るMark.09とともにサードインパクト爆心地であるセントラルドグマ最深部へ辿りつくが、カヲルは第2使徒リリスとMark.06に刺さる2本の槍を見て、そこにあるべき槍ではないと困惑し狼狽する。さらに、アスカの改2号機とマリの8号機の妨害を受けるが、シンジは元の世界に戻すためと思い込んでおり、それを退けカヲルの制止も拒んで遂に2本の槍を抜く。すると第2の使徒・リリスの骸が形象崩壊し、Mark.06の体内に潜んでいた第12の使徒が活動を再開、黒いケーブル状の姿を現して第13号機を包み込む。しかし、第13号機が覚醒したことで、第12の使徒は第13号機に吸収されながら急激に縮み、収縮したコアは第13号機に噛み砕かれた。そして第13号機は疑似シン化形態を越えて覚醒する。覚醒した第13号機は上空へと浮上。ゲンドウの罠によって第1の使徒から第13の使徒に堕とされたカヲルがトリガーとなって、「フォースインパクト」が始まる。ヴィレはヴンダーで第13号機を襲撃するが、本来のヴンダーの主であるレイの操るMark.09(アダムスの器)の迎撃を受け、ヴンダーの制御を乗っ取られる。そこに改2号機が駆けつけ獣化形態でMark.09と交戦するも、時間が足りず(双方ともパイロット脱出の後)改2号機が自爆攻撃を仕掛けMark.09を殲滅する。首輪(DSSチョーカー)が発動し、カヲルは首に十数発の弾丸を打ち込まれ死亡する。覚醒状態を止めた第13号機は地上へ落下するが、フォースインパクトの進行は止まらず、マリが8号機でシンジの乗るエントリープラグを強制射出させたことで、ようやく収束した。地上に落ちたエントリープラグの中で蹲っていたシンジをアスカが助け出し、そこにアヤナミレイも現れる。アスカは放心して反応しないシンジの手を引いて歩き出し、そしてレイも2人についていく。・・・幕
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『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』全4部作の第3作目。前作で、綾波レイを助けたい想いが爆発してEVA初号機が覚醒、シンジもレイも初号機に同化してしまい、ニアサードインパクトを起こしてしまった。あれから14年経ってシンジは目覚めるが、どうなっているのか、全く理解不能のちんぷんかんぷん。これは、きつい状況です。昔の仲間はみんな冷たいし、よそよそしい。ミサトにも爆弾首輪させられるわ、保護という名の監禁されそうだわ、そりゃ、シンジの気持ちになれば、サードインパクトなんか知らないし、後でカヲルに教えられても、俺が望んで人類を虐殺したんじゃないよ、と思うでしょ。なんで、ミサトらは目覚めた時に、状況説明してあげなかったのでしょうね?シンジがカヲルの優しさについて行くのも無理は無いよ。後半のフォースインパクトも、カヲルが仕組んだんじゃなくて、どうもゲンドウがカヲルをはめて、やらせたようでした。モノリス化してるゼーレもみんなゲンドウと冬月が始末して、魂になって、一つになって(もともと人間じゃないという話もありますが)黒き月のガフの部屋に行ったしね。さあ、4作目シンエヴァは、いよいよゲンドウとシンジが向き合うんだよね?

下記サイトの『12.エヴァQの大胆な考察というか妄想』は中々興味深い考察です。劇場版3作見た方は一度読んでみてください、生命のお話、面白いですよ。
『エヴァンゲリオン新劇場版:Q』評価は?ネタバレ感想考察/14年前の出来事は?カヲル困惑の理由?

2012年 日本 EVANGELION:3.0 YOU CAN (NOT) REDO.
総監督、脚本、原作:庵野秀明
監督:摩砂雪、前田真宏、鶴巻和哉
製作総指揮:大月俊倫、庵野秀明
撮影:福士享
編集:李英美
音楽:鷺巣詩郎
主題歌:宇多田ヒカル「桜流し」
製作会社:カラー
配給:ティ・ジョイ、カラー
声の出演:緒方恵美 碇シンジ、「第3の少年」。カヲルと共に第13号機に搭乗する。
林原めぐみ アヤナミレイ(仮称)、Mark.09に搭乗するNERV所属のパイロット。ユイのクローンである綾波シリーズの初期ロット。アヤナミのカタカナ表記と「(仮称)」も含めて正式名称。
石田彰 渚カヲル、「ゼーレの少年」とも呼ばれる第1の使徒。シンジと共に第13号機に搭乗。
立木文彦 碇ゲンドウ、NERV最高司令官(前作までの設定)。シンジの父。目には(キールのものと似た)バイザーを装着している。カヲル曰く「リリンの王」。
清川元夢 冬月コウゾウ、NERV副司令(前作までの設定)。
写真のみ登場 碇ユイ、碇シンジの母親。旧姓は「綾波」。エヴァシリーズの開発初期段階において、コアへのダイレクトエントリー方式を考案。自らその実験体に志願し初号機の制御システムと化した。
麦人 キール、ゼーレのモノリス01。本作ではゼーレのメンバーは「人類とは別の、人類に文明を与えた生命体」として描かれている。
宮村優子 式波・アスカ・ラングレー、改2号機に搭乗するヴィレのパイロット。「第2の少女」。
坂本真綾 真希波・マリ・イラストリアス、EVA8号機に搭乗するヴィレのパイロット。
三石琴乃 葛城ミサト、AAAヴンダーの艦長。大佐。
山口由里子 赤木リツコ、AAAヴンダーの副長。髪型がベリーショートになっている。
沢城みゆき 鈴原サクラ、鈴原トウジの妹。シンジの管理担当医官。少尉。