シンジは、上司の葛城ミサトの家に同居することになった。中学校では鈴原トウジから、先の戦闘で妹が怪我をしたという理由で殴られ、乗りたくて乗っているわけではないシンジは、自分がパイロットである理由を自問する。まもなく第5使徒が現れ、シンジは初号機で迎撃するも、ビルをも容易く切断する使徒の触手に追われ、補給電線のアンビリカルケーブルをも切断される。さらに山の中腹へと投げ飛ばされるが、そこにはシェルターを抜け出し、戦闘を見物に来ていたトウジと相田ケンスケがいた。シンジはエントリープラグへ二人を避難させると、ミサトの退避命令を無視して初号機にナイフを持たせ使徒へと突撃。初号機は腹を使徒の触手で貫かれつつも、ナイフを使徒のコアに突き立てその殲滅に成功する。命令無視をミサトに咎められたシンジはミサトの家を出るが、追跡していたNERVの保安部により本部へと連行される。「誰のためでもなく自分の意志で乗るのかどうか決めなさい」とミサトに言われたシンジは、改めてその意味を考える。その後、第3新東京市に第6使徒が襲来。シンジは初号機で出撃するが、遠距離から使徒が放った光線により負傷する。破損した初号機が回収された後、使徒はジオフロントに向け地表装甲盤の掘削を始める。攻防ともに強力で守備範囲の広大な使徒に対し、ミサトは遠距離からエヴァの陽電子砲による狙撃作戦「ヤシマ作戦」を立案・実行するが、死ぬ思いをしたシンジはエヴァへの搭乗を拒む。ミサトはシンジにジオフロント深部に置かれている第2の使徒「リリス」を見せ、リリスと使徒との接触による「サードインパクト」を防ぐため、職員全員が使徒と刺し違える（最悪の場合は本部ごと自爆する）覚悟でいると言い、シンジは再びエヴァに乗ることを了解する。囮として使徒への集中砲撃が行われる中、日本全土の電力を接収しての陽電子砲の一撃は、使徒に命中するが、致命傷とはならず反撃される。シンジは恐怖に震え、ゲンドウはシンジが役に立たないと判断、砲手をレイに変えようとするが、ミサトは彼を信じ託すべきと主張しそれが認められる。2射目の準備を始めるシンジを、再度使徒の光線が襲うが、レイの乗る零号機が盾でこれを防ぎ、初号機の撃った陽電子砲の2射目によって第6使徒は殲滅された。一方、月面では渚カヲルが棺から目覚めていた。・・・幕

新劇場版4部作のまず、前編にあたる『序』。これはTV版の第1話から第6話ヤシマ作戦までが描かれていて、リメイクじゃなくリビルド（再構築）ですから、CGのグレードアップや追加カットは結構ありますね。タイトルの『序』は雅楽の用語「序破急」に由来しているそう。以下、オイラが気づいた点を列記します。
初っ端、シンジを守ってEVA初号機が勝手に動き出すシーンはカット。
前作の「○th Children」という表現が消え「第○の少女（少年）」「○番目の子供」などと表現されている。
サキエルは第3使徒では無くて、第4使徒になってる。
放浪シンジのシーンで、相場のテントで一泊する所はカット。一人でホームレスのように繁華街の隅で寝て、翌日山へ。トンネルを過ぎて戦闘で道路が寸断されているのを見た後、NERV保安部に捕まった。
ラミエルのビーム攻撃は変身しながら、そしてジオフロントを狙うドリルも、大迫力CGに変わっている。
リリスがいるのは、ターミナルドグマじゃなくてセントラルドグマ。リリスの仮面チェンジ。そして、NERV内でアダムがいるということにはなっていない。リリスがいると周知されていて、ミサトも知っていてシンジに見せて、彼に闘う意味を教える。
渚カヲルが、ゼーレ側と分かる。

『エヴァンゲリオン新劇場版:序』評価は?ネタバレ感想考察/使徒の目的は？ネルフや第3新東京市とは？

2007年　日本　EVANGELION:1.0 YOU ARE (NOT) ALONE　★★★
原作・脚本・総監督：庵野秀明
監督：摩砂雪、鶴巻和哉
製作総指揮：大月俊倫
撮影：福士享
編集：奥田浩史
音楽：鷺巣詩郎
配給：クロックワークス、カラー
主題歌：宇多田ヒカル「Beautiful World」
声の出演：緒方恵美　碇シンジ、エヴァンゲリオン初号機のパイロット。
林原めぐみ　綾波レイ、エヴァンゲリオン零号機のパイロット。
三石琴乃　葛城ミサト、 NERV戦術作戦部作戦局第一課長。シンジらパイロットの直接の上司でもある戦闘指揮官。
山口由里子　赤木リツコ、 NERV技術開発部所属。E計画担当・エヴァンゲリオン開発責任者。
立木文彦　碇ゲンドウ、NERV最高司令官。シンジの父。
清川元夢　冬月コウゾウ、NERV副司令官。
長沢美樹　伊吹マヤ、NERV本部のオペレーター、技術開発部技術局第1課所属、2尉。リツコの部下。
関智一　鈴原トウジ、シンジらのクラスメイト
岩永哲哉　相田ケンスケ、シンジらのクラスメイト
岩男潤子　洞木ヒカリ、シンジらのクラスメイト
石田彰　渚カヲル、本編中では詳細が明らかにされていないが、次作『破』の予告では「エヴァ6号機のパイロット」と解説されている。
麦人　キール・ローレンツ、ゼーレの中心的人物、人類補完委員会の議長。