西暦2203年、銀河系中心部の宇宙で大きな異変が生じた。異次元断層から別の銀河が現れ、核恒星系付近で銀河系同士の衝突が起こり、多くの星々が消滅した。古代進は「宇宙戦艦ヤマト」の艦長として地球防衛軍の命を受け、この宇宙災害の調査とその宙域にある友好国「ガルマン・ガミラス帝国」の本星へ赴いていた。だが、生存者を確認出来ないまま宇宙災害の大爆発に飲み込まれ、やむなく危険を冒して無差別ワープを強行しこの宙域から離脱する。そんな中、地球から3000光年離れたアンファ恒星系にて銀河を回遊する水惑星「アクエリアス」が現れ、その第4惑星「ディンギル星」を水没させる。偶然ディンギル星の至近距離へワープアウトしたヤマトは、アクエリアスの水に襲われ逃げ惑っているこの星の人々を目撃する。古代達は決死の救助活動を行うが突如ヤマトを大波が襲い、1人の少年を救っただけでヤマトクルーに多大な犠牲者を出す結果となる。その後、ヤマトはディンギル帝国の艦隊と遭遇。ハイパー放射ミサイルの攻撃を受けて全乗組員が死亡あるいは仮死状態となり戦闘不能に陥るが、墜落した惑星で運よく自動操縦システムが起動し、地球へ向かう。母星を失ったディンギル星人の長「ルガール」は新たな移住先として地球に狙いを定め、アクエリアスを人為的にワープさせることで母星と同じように地球を水没させ、地球人類を絶滅させた後に移住することを画策する。ヤマトの情報からアクエリアスの存在を確認した地球人類は、接近してくるアクエリアスによる水没を避けるため地球からの一時避難を開始するが、ディンギル艦隊の攻撃によって避難船団や地球艦隊までもが全滅させられ、地球人類は地球に封じ込められていく。
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