建造から20年がたち老朽化したエンタープライズ号は練習艦となりカーク提督は地上任務に戻り、スポックはエンタープライズの艦長となっていた。今回の任務は、カーク提督の査察のもと候補生達を乗せて訓練航海に出航する平穏なもののはずだった。しかしその頃、20世紀の遺伝子工学によって生まれた優生人間カーンたちは連邦艦U.S.S.リライアント号を乗っ取り、かつてカーク船長らによって追放されていた流刑星からの脱出を果たしていた。カーンはマーカス博士たちが研究していた計画、命のない不毛の星に生命を誕生させる「ジェネシス計画」の存在を知り、それを狙っていた。生命を生み出す力を持つ一方で、その前段階では莫大な破壊力をも合わせ持つジェネシス装置を奪い、宇宙を支配しカーク提督への復讐を果たすべくカーンの攻撃が始まる。・・・


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